El sistema público de investigación en España está encuadrado dentro del sistema español de ciencia, tecnología e innovación. Los principales agentes del sistema son la universidades públicas, los organismos públicos de investigación (OPIs), centros sanitarios y empresas públicas de ámbito estatal, pero también existen los centros de investigación adscritos a las comunidades autónomas, a la administración general del Estado o a ambas, o los centros tecnológicos, los parques científicos y tecnológicos y las instalaciones científico-técnicas singulares de carácter público.
Las universidades públicas y los OPIs son los dos grandes pilares de la producción científica en España.
En el ámbito sanitario, en relación a la investigación biomédica, se reconoce el papel clave que juegan los centros sanitarios, mediante la red de Institutos de Investigación Sanitaria fundamentalmente. Se denominan Centros Públicos de Investigación, a la suma de los Organismos Públicos de Investigación, las Universidades públicas y los Hospitales públicos con actividad investigadora. Los investigadores de los Centros Públicos de Investigación disfrutan de niveles de autonomía muy altos a la hora de establecer y desarrollar sus líneas y proyectos de investigación, sin estar sujetos a aprobaciones o supervisiones de tipo jerárquico, siempre que sean capaces de conseguir los fondos y recursos necesarios para ello.
Es importante destacar, que la Constitución Española establece que tanto el Estado como las Comunidades Autónomas son competentes en el fomento de la investigación científica y técnica, y añade que será el Estado el encargado de la coordinación general en esta materia. De esta manera, ambas administraciones disponen de funciones legislativas y ejecutivas plenas produciéndose una concurrencia total en este ámbito, y en muchas ocasiones se producen solapamiento y disfuncionalidades que traen consigo la falta de eficiencia en el sistema.
